方法から考えるプロテオミクス

先の記事で書いた通り、プロテオミクスとは、タンパク質を網羅的に解析する学問なので、そのための方法は1つではありません。今回は、プロテオミクスに使用される手法についてざっくりとお話しします。

ボトムアッププロテオミクス
タンパク質を酵素で細かく切断したペプチドの重さを、質量分析計によって計測します。その重さに対応するアミノ酸配列から推定することで、網羅的にタンパク質を同定します。

トップダウンプロテオミクス
タンパク質を切断せずタンパク質の重さを計測し、重さに対応するタンパク質を推定することで、網羅的にタンパク質を同定します。

電気泳動
タンパク質を等電点や大きさで分離し、抗体を使ってタンパク質の有無や量を調べます。

Olink
各タンパク質に対して2種類のDNA結合抗体を用意し、この2種類が両方くっついたときのみDNAがうまく2本鎖を形成します。このDNAの有無・量からタンパク質の同定・定量ができます。
などなど。

現在はボトムアッププロテオミクスが主流です。